История ее возникновения целиком и полностью связана с возведением во второй половине ХІХ столетия Ново-Афонского монастыря. Основатели обители прекрасно понимали, что без просветительской деятельности среди местного населения, ее существование вряд ли стало бы полноценным. В своем письме к начальнику Сухумского военного отдела от 26 сентября 1876 г., иеромонах Арсений отмечал, что христианство мало принимается абхазами оттого, что священники у них преимущественно грузины и имеретины, не знающие ни слова на абхазском и жизнью своей не оправдывающие своего сана. Он предлагал основать на территории монастыря духовное училище, в которое поступали бы дети из сельских школ и из всех сословий.

За короткое время братии монастыря удалось проделать существенную работу. В школе были введены программы, утвержденные святым синодом для церковно-приходских школ.

Курс обучения составлял 4 года, а с 1898/99 г., по ходатайству наблюдателя школ по Сухумской епархии, был увеличен до 5 лет.

Со второго полугодия, после ознакомления с грамматикой русского языка обучение переводилось на русский.

Изучение Священного Писания и чтение молитв происходило как на русском, так и на абхазском языках, что наглядно демонстрировало стремление духовенства укоренить христианство в душах подрастающего поколения.

Не секрет, что именно на родном языке восприятие любого школьного материала происходит гораздо органичнее и не вызывает внутреннего неприятия у ребенка, в отличие от изучения на других языках.

Заведующими школой и учителями назначались из числа монастырской братии, наиболее подготовленные к этим обязанностям. Учителям необходимо было с большим трепетом относиться к тем исключительным условиям, в которых жили дети, поступающие на обучение. Дело в том, что население окружающее обитель состояло в основной своей массе из мусульман, да и вообще сочетание ислама и традиционного религиозного уклада жизни абхазов представляло собой уникальную картину. Поэтому учителям требовалось обладать огромной выдержкой и терпением для плодотворной работы.

Большая часть воспитанников школы после ее окончания возвращалась в свои семьи. Способных продолжать обучение отправляли в учительские семинарии. Доподлинно известно, что двое выпускников после окончания обучения в семинарии вернулись и стали преподавать в родной школе. Один из выпускников после окончания военного училища служил офицером в Кавказской армии. Были и те, кто стали священниками.

После революции 17 года и последовавшего за ней закрытия монастыря, уклад привычной школьной жизни существенно изменился. На смену церковно приходской школе пришла школа нового советского типа. Понимая трагизм тех далеких событий и споров, которые неминуемо возникают в этой связи, нужно объективно признать, что советская система образования, по праву занимала одно из ведущих мест в мире.

Двухэтажное здание школы было перестроено. Она выросла еще на этаж, а рядом были выстроены начальная школа, спортивная площадка, буфет, лаборатория и мастерская. Также был разбит школьный сад. Ученикам предоставлялась возможность заниматься в одних из самых лучших условий не только Абхазии, но и всего Советского Союза. Педагогический состав подбирался с особой трепетностью. Быть преподавателем Новоафонской средней школы считалось престижным, поэтому, найти вакантное место здесь практически не представлялось возможным.

В трагические для всей страны дни, во время Великой Отечественной войны 36 учеников и учителей нашей школы не вернулись с фронта (подробнее см.: Яланчиди Д. , Великая война сквозь призму жизни маленького народа // Алашарбага, 2015, №1, с.61-63).

В тяжелое послевоенное время, Новоафонская средняя школа, несмотря на все трудности и существенное уменьшение числа учащихся стала одной из самых передовых школ Гудаутского района, а потом и всей Абхазии.

Подъем школы и ее развитие связанно с именами таких уважаемых людей как Борис Давидович Авидзба (директор в период с 1939 г. по 1975 г.), пришедшая ему на смену Александра Джемаловна Авидзба и, конечно же, Николаем Константиновичем Барганджия. Эти люди посвятили свою жизнь Новоафонской средней школе, вписав навсегда свои имена в ее историю.

Самый тяжелый период в жизни школы, безусловно, выпал на годы Отечественной войны Народа Абхазии 1992-1993 гг. На территории школы располагались военные части. Вражеским снарядом был значительно поврежден химкабинет, испорчена спортивная площадка и фасад школы.

В условиях блокады и других существенных проблем послевоенной Абхазии, школа продолжала свое существование. Несмотря на мизерные зарплаты, откровенную нужду, педагоги продолжали выполнять свои обязанности, являя собой образец профессионализма и преданности своему делу. Именно этой плеяде учителей мы обязаны тем, что школа существует, и по сей день.

В 2012 г. была начата масштабная реконструкция школы. По сути дела, школа была полностью перестроена. Аварийный третий этаж был снесен и построен заново. Были возведены спортивный зал, открытое футбольное поле, большая современная столовая, актовый зал. Начальная школа была соединена с основным зданием удобным коридором.

На сегодняшний день Новоафонская Средняя школа представляет собой современный образовательный комплекс мирового уровня. Общее количество учащихся составляет – 365 человек.

История новоафонской средней школы весьма многогранна. Она была, есть и будет домом для всех без исключения своих выпускников. В преддверии 140-летнего юбилея, хотелось бы искренне пожелать, чтобы светлых страниц в ее истории было как можно больше.